Prof. Dr. Bedreddin ÇETINER nezaretinde, önceki toplantının bir devamı niteliğinde "Kur’ân ve Tefsir Araştırmaları II (Kur’ân-İlimler)" konulu bir araştırmaya 1998 yılında başlanılmış, konu ile ilgili bilim adamlarıyla istişarî toplantılar yapılarak tebliğ konuları, tebliğci ve müzakereciler tesbit edilmiş, bu araştırmanın tebliğ metinlerinin hazırlık çalışmaları 1999 yılı içinde tamamlanmış ve bu konunun tartışmalı ilmi toplantısı 09-10 Ekim 1999 tarihlerinde Üsküdar Belediyesi Altunizâde Kültür Merkezinde gerçekleştirilmiştir. Toplantıda sunulan tebliğ başlıkları şöyledir: 

    Kur’ân ve Edebiyat; Kur’ân ve Musiki; Kur’ân ve Medeniyet Tarihi; Kur’ân ve Sîretü’n-nebi; Kur’ân ve Fıkıh; Kur’ân ve Kelâm; Kur’ân ve Akli Tefekkürün Boyutları; Kur’ân’ı Anlama Yolunda Felsefi Tecrübenin Rolü ve Değeri; Kur’ân ve Ahlak; Kur’ân ve Coğrafya; Kur’ân ve İktisat; Kur’ân ve Psikiyatri; Kur’ân ve Astrofizik(Yaratılış Teorileri)

Bu konular halka açık toplantıda dinleyicilere aktarıldığı gibi toplantı metinleri de kitap haline getirilerek neşredilmiştir.